Qədim dövrdə Yaponiya imperatorlarının xidmətində ninja əmri olmuşdur. Bu sirli müharibələr o dövrdə ən yaxşı kəşfiyyat bacarıqlarına malik idi və bütün döyüş sənətkarları idi. Bu gün Ninja Run oyununda düşmən ərazisinə daxil olmaq üçün sizə belə bir müharibəyə kömək edəcəyik. Bizim qəhrəman müxtəlif tələlər və digər təhlükələrlə dolu olan yol boyunca davam edəcək. Onların əksəriyyəti sürətlə atlayaraq işə başlaya bilər. Düşmən əsgərləri ilə görüşsən, onları məhv etməyə çalışın. Yolda yer üzündə yalançı müxtəlif əşyalar toplanacaq. Onlar sizə bal və digər gözəl bonuslar verəcəkdir.
