Qədim Yaponiyada döyüşçülərin iki samuru - samuray və ninja arasında daimi bir müharibə olub. Siz oyun Ninja Runner Ninjas ordeni tərəfində mübarizə edəcək. Sizin xarakteriniz samuray dəstələri gizlətə biləcək bir meşədə kəşfiyyat aparmaq üçün əmr başından bir əmr aldı. Sizin qəhrəman cəsarətlə meşəyə girdi və yol boyunca qaçdı. Bir çox təhlükə və tələlər onu yolunda gözləyir. Sizin xarakterinizi idarə etsəniz, onu tələyə salmaq və bu tələlərə düşməmək lazımdır. Düşmən əsgərləri ilə qarşılaşırsanız, bir qılıncın hamısını məhv etmək məcburiyyətindəsiniz. Yalnız onun yoluna düşən müxtəlif maddələr toplamaq.
