Şahzadə Şaftalı yenidən qaçırıldı, Bowser sakitləşə bilmir və təqaüdə çıxmaq vaxtıdır, amma yenə də ona gözəllik verin. Mario yola çıxmaq lazımdır və o da ilk təravət deyil. İlk dəfə olaraq, plumber onun qabiliyyətlərinə şübhə etdi və Sonic'i köməyə dəvət etmək qərarına gəldi, çünki onun necə sürətlə qaça biləcəyini və yüksəklərə tullanmağı bilirdi. Bu vaxt, Sonic gəldikdə, siz Marionu idarə edə və ona sikkələr toplamağa və Bowserin əlaltılarının üzərinə tullanmağa kömək edə bilərsiniz. Sonra Sonic-ə keçə bilərsiniz, lakin o, üzüklər toplamalı olacaq, lakin hər iki qəhrəmanın məqsədi eynidir - Super Mario və Sonic-də şahzadəni xilas etmək.
