Piksel dünyasında Kyoto adlı cəsur bir samuray yaşayır. Bu gün qəhrəmanımız ölkəsinin ucqar bölgələrinə səyahət etməli və orada müxtəlif cinayətkarlarla mübarizə aparmalıdır. Oyunda Pixel Samurai ona bu işdə kömək edəcəksiniz. Samuraylarınız müəyyən bir ərazidə yerləşən qarşınızdakı ekranda görünəcəkdir. Nəzarət düymələrindən istifadə edərək onu irəli qaçdıracaqsınız. Diqqətlə ekrana baxın. Qəhrəmanın yolunda yerdəki müxtəlif maneələr və çuxurlar görünəcək. Xarakteriniz bu təhlükəli ərazidən müəyyən bir məsafədə olduqda, onu atlamağa məcbur etməlisiniz. Beləliklə, qəhrəmanınız bu təhlükədən havada uçacaq və yoluna davam edə biləcək.