Yaponiyada yerləşən kiçik bir kəndin yaxınlığında canlı ölülər peyda oldu. Gecələr qəsəbənin ətrafında dolaşaraq insanları ovlayırlar. Cəsur ninja döyüşçüsü Kyoto imperatordan zombiləri məhv etmək əmri alır. Ninja Versus Zombie oyununda siz bu işdə ninjaya kömək edəcəksiniz. Ekranda sizdən əvvəl xarakterinizin yerləşəcəyi bir sahə olacaq. İdarəetmə düymələri ilə siz ninjanın hərəkətlərini idarə edəcəksiniz. O, ərazi boyunca irəli qaçmalı və ətrafa diqqətlə baxmalı olacaq. Yolda o, hər yerə səpələnmiş qızıl sikkələr və digər əşyaları toplaya biləcək. Bir zombi ilə qarşılaşan kimi ona hücum edin. Ninja arsenalından müxtəlif silahlardan istifadə edərək Ninja Versus Zombie oyununda zombiləri məhv edəcək və bunun üçün xal qazanacaqsınız.
