Hər hansı bir virus və ya digər arzuolunmaz maddə bədəninizə daxil olmağa və orada öz qaydalarını qurmağa çalışdıqda, immunitet sistemi müqavimət göstərməyə başlayır. Immune system Command oyununda siz bunu öz gözləri ilə görəcək və hətta sistemin kənardan hücumları dəf etməsinə kömək edə biləcəksiniz. Bu dəfə bədən müxtəlif virusların qəzəbli hücumuna məruz qalır. Sağda, solda görünürlər, yuxarıdan uçurlar. Aşağıdakı elementləri vurmalısınız ki, onlar virus və bakteriyalara qarşı antikorlar buraxsınlar ki, bu da yaramazları məhv etsin və onlar öz məqsədlərinə - İmmunitet Sistemi Komandanlığında məhvə nail ola bilməyəcəklər.