Qalaktikada səyahət edən Tom adlı tədqiqatçı daim müxtəlif qədim artefaktlarla qarşılaşır. Qəhrəmanınızın onlara çatması üçün o, müxtəlif bulmacaları həll etməlidir. Siz Puzzle Galaxies oyununda ona bu işdə kömək edəcəksiniz. Ekranda qarşınızda kublardan ibarət dizaynı görəcəksiniz. Onların hər biri içəridə bərabər sayda kvadrat zonaya bölünəcəkdir. Hər zonada müəyyən rəngli bir top görəcəksiniz. İdarəetmə düymələrindən istifadə edərək, kubları kosmosda öz oxu ətrafında döndərəcəksiniz. Taskınız bütün topların müəyyən bir ardıcıllıqla düzülməsi üçün bu elementləri təyin etməkdir. Bunu edən kimi, Puzzle Galaxies oyununda sizə müəyyən sayda xal veriləcək və oyunun növbəti səviyyəsinə keçəcəksiniz.