Kyoto adlı cəsur ninja hündür binanın damına çıxmalıdır. Ninja Up oyununda siz bu macərada xarakterə kömək edəcəksiniz. Qarşınızda yerdə dayanan ninjanız ekranda görünəcək. Bir siqnalla, xarakteriniz müəyyən bir hündürlüyə tullanmağa başlayacaq. Siçan ilə ninjanın altından xətt çəkməli olacaqsınız. Siz onu çəkən kimi xüsusi rezin ip görünəcək. Qəhrəmanınız onun üzərinə yıxılaraq bir sıçrayış edib yuxarı uçacaq. Beləliklə, Ninja Up oyununda bu ipləri çəkməklə, siz tədricən qəhrəmana binanın damına çıxmağa kömək edəcəksiniz. Eyni zamanda, yol boyu siz ninjaya oyun meydançasının müxtəlif yerlərində havada asılacaq əşyaları toplamağa kömək etməli olacaqsınız. Oyunda onların seçilməsi üçün Ninja Up sizə xal verəcək.