Uzaq bir ecazkar dünyada Pokemon kimi canlılar yaşayır. Təbiət ruhlarına sitayiş edən qruplara bölünürlər. Bir dəfə Od və Su ruhlarına ibadət edənlər bir ayin etdilər və bu ilahi varlıqları dünyaya çağırdılar. Ancaq çox pis ruhlar olduqları ortaya çıxdı və idarədən çıxdılar. İndi bütün planet xaos içindədir və davamlı olaraq təbii fəlakətlər baş verir. Oyunda Pokemon Emerald Versiyası ilə onlarla mübarizə aparmalı olacaqsınız. Ekranda qarşınızda simvollarınızın yerləşəcəyi müəyyən bir sahəni görəcəksiniz. Məsələn, atəş ruhuna hücum edəcəklər. Xüsusi bir idarəetmə paneli istifadə edərək hərəkətlərini yönləndirəcəksiniz. Onun köməyi ilə Pokemonunuzu rəqibinə zərər verəcəkləri müxtəlif sehrli sehrlər tətbiq etməyə məcbur edəcəksiniz.