Ninja Dogs 2 -nin ikinci hissəsində, ninja itlərindən ibarət bir dəstəyə, pişiklər səltənətinin mühafizəçiləri ilə mübarizədə kömək etməyə davam edəcəksiniz. Bu gün onların qalalarına hücum edib onları ələ keçirmək və ya məhv etmək lazımdır. Ekranda qarşınızda binaların yerləşəcəyi müəyyən bir sahəni görəcəksiniz. Binaların içərisində əsgər pişikləri görəcəksiniz. Binalardan müəyyən məsafədə bir top qurulacaq. Onun köməyi ilə itlərinizi döyüşlərinizlə vuracaqsınız və onlar müəyyən bir məsafəyə uçaraq binanın divarına çırpılaraq hücum edən pişiklərini məhv edəcəklər. Bunu etmək üçün atışlarınızın traektoriyalarını hesablamalısınız. Bütün pişikləri məhv etdikdən sonra xal alacaqsınız və oyunun növbəti səviyyəsinə keçəcəksiniz.