Sibirin bir yerində bəşəriyyətə zərər verə biləcək silahlar istehsal edən gizli bir obyekt var. Bunun doğru olub-olmadığını öyrənmək və sübut əldə etmək lazımdır. Bunu yalnız casuslar edə bilər, adi olanlar deyil, ən yüksək səviyyəli agentlər. Swap Spies oyununda qarşılaşacağınız bunlardır. Onların adları Emma və Emmadır, təəccüblənməyin, bunlar hələ də görünməz cəbhənin qəhrəmanlarının əsl adları deyil. Ancaq aldıqları tapşırıq hətta onlar üçün çətindir, buna görə qəhrəmanların köməyinizə ehtiyacı olacaq. Onlardan birini hər səviyyədə labirintdən keçirin. Bunun üçün siz casusun yolunu təmizləməli, qutuları yoldan çıxarıb hərəkət etdirməli və ya Swap Spies-də onları tamamilə məhv etməlisiniz.