Ninja ayaqlarını uzadıb şəhərin ətrafında qaçaraq pul yığmağa qərar verdi. Ninja Runner oyununda siz bir qəhrəmanla görüşəcək və ona şəhər parkurunu təşkil etməyə kömək edəcəksiniz. Qəhrəman üçün keçilməz yüksəkliklər yoxdur, oğlanın üzərinə bir neçə dəfə basa bilərsiniz və o, istənilən zirvəyə atlayacaq: platforma, qüllə və başqa bir zirvə. Səviyyəni keçdikdən sonra digərinə keçə bilərsiniz, amma diqqətli olun, yeni səviyyələrdə həyat ürəklərini itirməmək üçün atlamağınız lazım olmayan kəskin sünbüllər şəklində əlavə maneələr olacaq. Getdikcə daha çox kəskin maneələr var, yəni Ninja Runner-də ninjanın həyatını itirməkdən xilas etmək üçün çox sürətli və çevik olmalısan.