Kiçik bir yapon kəndinin sakinləri yerli aristokrat tərəfindən daim sıxışdırılır. Yaponiyada səyahət edən bir samuray onlara kömək etmək qərarına gəldi. Bunun üçün o, bir aristokratın mülkünə sızmalı və onu məhv etməli olacaq. Mini Samurai Kurofune oyununda siz bu macərada samuraylara kömək edəcəksiniz. Qəhrəmanınız ninja muzdluları tərəfindən qorunan mülkə girməli olacaq. Onlar sizin xarakterinizə hücum edəcəklər. Siz qəhrəmanın hərəkətlərinə nəzarət edirsiniz, onlara qarşı mübarizə aparırsınız. Qılıncdan məharətlə istifadə edərək, əlbəyaxa döyüş texnikalarından istifadə edərək, bütün rəqiblərinizi məhv etməli olacaqsınız. Bunun üçün Mini Samurai Kurofune oyununda sizə xal veriləcək. Düşmənin ölümündən sonra ondan düşəcək kubokları toplayın.
