Apokalipsis müxtəlif səbəblərdən baş verə bilər, Apocalypse Run oyununda siz maşınların üsyanı nəticəsində ortaya çıxan apokalipsisin mərkəzində olan qəhrəmana kömək edəcəksiniz. Görünüşü çox gözlənilən və sürətli inkişafı ilə heyran olan süni intellekt qərara gəldi ki, indi onun insanlara ehtiyacı yoxdur. Üstəlik, hətta zərərlidirlər, çünki hər şeyi səhv edirlər, çox vaxt irrasional davranırlar, ətraf mühiti məhv edirlər və öz növlərini öldürürlər. Maşının şüurunda güclü inam formalaşıb ki, insan planetdə əsas şərdir və onu məhv etmək lazımdır. Beləliklə, bəşəriyyətin sistematik məhvi başladı və Apocalypse Run qəhrəmanı bundan qaçmaq istəyir və siz ona robotlarla mübarizə aparmağa kömək edəcəksiniz.