Quşların miqrasiyası quşların isti bölgələrə illik miqrasiyasıdır. Payız gələn kimi bir çox quş növü soyuq qışdan sağ çıxmaq üçün cənuba üz tutur. Ördəklər onlardan biridir və oyunda siz bir ördək çətin uçuşu dəf etməyə kömək edəcəksiniz. Ancaq əvvəlcə oyunda təqdim olunan qəhrəmanlardan bir xarakter seçməlisiniz: Pam, Mac, Dan Day, Gwen və Dax. Onlardan hər hansı biri sizin nəzarətinizə tabe olacaq. Miqrasiya Flappy Duck-un süjeti, quşunuzun sürünün arxasına düşməsidir. Bütün qohumları uçduqda, qanadı zədələnmişdi, amma indi sağaldı və siz sürüyə çatmağa və birlikdə uçmağa cəhd edə bilərsiniz. Ancaq əvvəlcə Miqrasiya Flappy Duck oyununda bir çox maneələri dəf etməli və qanadlarınızı güclü şəkildə çırpmalı olacaqsınız.
